Eén van de hoogtepunten in de geschiedenis van de abdij is de synode van Whitby, een belangrijk kruispunt in de geschiedenis van Engeland.
In 664 vond hier een synode plaats, een bijeenkomst van kerkleiders in het gezelschap van de koning, waarbij de Engelse kerk voor een keuze werd geplaatst: De Romeinse of de Keltische traditie volgen. Dit was een belangrijke beslissing voor de Engelse kerk: de twee tradities hadden niet alleen een ander idee over bijvoorbeeld het celibaat, of de klederdracht van de kloosterlingen, maar ze hadden ook alletwee een andere datum voor Pasen wat voor veel verwaring zorgde. De Keltische traditie hield het Joods Pesach aan de 14e Nisan, te weten 14 april. De Keltische christenen werden hierdoor werden ook wel de Quartodecimanen genoemd.
In Whitby kwamen de partijen bijeen. Bisschop Colman van Lindisfarne verdedigde de Keltische traditie en het verleden (het waren Ierse missionarissen die dit deel van Engeland gekerstend hadden), de monnik Wilfrid van Whitby, de latere bisschop van York, verdedigde de Romeinse cultus. Koning Oswiu was de scheidsrechter, de apostel Johannes was de kampioen voor de Kelten, de apostel Petrus die van de Romeinen. Rome won uiteindelijk omdat het zijn gezag rechtstreeks van Petrus kreeg, en die had de sleutels van de Hemel. Koning Oswiu nam liever geen risico en verkoos Rome (en vanaf dan droegen Engelse monniken ook de tonsuur en werden mannen en vrouwen van elkaar gescheiden in aparte kloosters.